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辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析

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文献出处
园艺学报  2014年02期
机 构
湖南农业科学院蔬菜研究所,中国农业科学院蔬菜花卉研究所,湖南农业科学院西瓜甜瓜研究所
基 金
国家自然科学基金项目(31101425),国家重点基础发展计划项目(2009CB119000),国家现代产业技术体系建设专项资金项目(CARS-25-B-01),公益性行业(农业)科研专项(2011303018)
关键词
辣椒论文  转录组论文
论文摘要

利用SNP分析软件从辣椒(Capsicum annuum L.)251 068条Unigenes中筛选出18 159个SNP,其中有1 781个SNP位点被匹配在1 291个注释基因上,基因功能分类和代谢途径分析表明,其中有853个基因参与初生代谢(28.7%)、细胞代谢(17.3%)、生物合成过程(15.7%),另有125个(9.7%)基因序列参与新陈代谢途径,53条(4.1%)序列参与次生代谢产物合成途径,31条(2.4%)序列参与植物激素合成途径。EST-SNP序列中4 172条(22.9%)满足设计CAPS引物条件,为了验证EST-SNP正确性,并选取了15对CAPS引物对5份辣椒材料进行扩增,结果发现有8对(53.3%)引物表现出多态性。表明筛选出这些EST-SNP标记可作为辣椒基因分型、图谱构建等的候选分子标记。

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