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基于加权基因共表达网络分析槲皮素抗胃癌的基因模块和分子标志物研究

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文献出处
世界中医药  2021年04期
关键词
加权基因共表达网络论文  胃癌论文  基因论文  槲皮素论文
论文摘要

目的:根据加权基因共表达网络(WGCNA)探索槲皮素抗胃癌的潜在生物靶标。方法:利用TCGA数据库下载胃癌相关转录组和临床数据,分析胃癌转录组表达的差异基因,利用网络药理学找到槲皮素的作用靶点,找出槲皮素与胃癌的hub基因。通过KEGG通路,GO基因富集分析寻找hub基因的靶点及通路,探索hub基因的在胃癌临床数据中的生存分析和性状表达的差异。结果:1)共发现槲皮素142个靶点,共139个蛋白质-蛋白质相互作用关系;2)KEGG通路富集分析发现槲皮素抗胃癌的作用通路可能与细胞衰老、MicroRNAs的表达、P53信号通路有关;3)生存分析发现纤溶酶原激活物抑制剂-1(SERPINE1)、微囊蛋白-1(Caveolin-1)、雄性激素受体(AR)、转录因子E2F2(E2F2)、前列腺素E2受体EP3亚型(PTGER3)在胃癌中的表达差异会影响患者的预后(P<0.05);4)在胃癌的TNM分期中,AR与PTGER3的表达差异与胃癌的分期相关(P<0.05);5)GEPIA数据库分析,AR与PTGER3在胃癌组织中的表达存在一定的相关性(P<0.05)。结论:槲皮素抗胃癌机制可能和细胞凋亡、MicroRNAs表达和P53信号通路有关,通过多靶点作用于SERPINE1、CAV1、AR、E2F2、PTGER3,发挥抑制癌细胞,改善患者预后的作用。

论文目录
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1 材料与方法
  1.1 槲皮素靶点数据库的建立
  1.2 TCGA数据的获取
  1.3 筛选GC差异基因(DEGs)
  1.4 特异基因网络模块的分析
  1.5 蛋白质互作网络(PPI)的构建
  1.6 富集分析与生存分析
  1.7 GEPIA验证
2 结果
  2.1 槲皮素靶点
  2.2 差异基因
  2.3 WGCNA模块分析
  2.4 GO与KEGG的富集分析
  2.5 槲皮素hub基因的生存分析
  2.6 GEPIA验证
3 讨论
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